Автономная некоммерческая организация «Дирекция по развитию транспортной системы Санкт-Петербурга и Ленинградской области» учреждена в 2013 году Правительством Российской Федерации совместно с Правительством Санкт-Петербурга и Правительством Ленинградской области для повышения уровня координации и обеспечения согласованных действий федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти Санкт-Петербурга и Ленинградской области при реализации мероприятий по развитию транспортной системы Санкт-Петербурга и Ленинградской области.
Дирекция осуществляет координацию в сфере развития гражданской и региональной авиации, развития общественного пассажирского транспорта, железнодорожного и внутриводного транспорта, развития внеуличных видов скоростного транспорта, в том числе легко рельсового транспорта, повышения качества организации дорожного движения и интеллектуальных транспортных систем, создания транспортно-пересадочных узлов и единого парковочного пространства, развитие транспортно-логических центров, автомобильных дорог и улично-дорожной сети.